L’équipe scientifique de l’IFRA/SHS se compose de chercheurs français spécialistes d’histoire allemande, de germanistique ou experts dans les champs franco-allemands du savoir en sciences sociales et humaines, parmi lesquels un directeur est désigné. Depuis la signature d’une nouvelle convention cadre avec l’université Goethe de Francfort  en 2015, cette dernière rémunère un poste de postdoctorant mis à disposition de l’IFRA/SHS. L’IFRA accueille également des bénéficiaires d’une aide annuelle à la mobilité préparant une thèse sur l’espace germanique. Ã€ cette équipe s’ajoute une quarantaine de chercheurs de passage chaque année. En effet, l’IFRA met des bourses de courte durée à la disposition des étudiants et des chercheurs de tous niveaux qui désirent mener une recherche soit à Francfort même soit ailleurs en Allemagne.

Le programme culturel de l’IFRA est par ailleurs développé par une chargée de mission culturelle occupant un emploi permanent de droit local, tandis que la gestion budgétaire du centre est assurée par un agent comptable employé à mi-temps. Tout au long de l’année, l’IFRA accueille d’autre part des stagiaires, accompagnant la mise en place des programmes ou le développement d’outils de recherche.

Au gré des conventions que l’IFRA peut être amené à signer, le centre peut accueillir en son sein des doctorants et postdoctorants sur des projets à durée déterminée, ainsi du doctorant partagé entre l'IFRA et l'Institut Max-Planck d'histoire européenne du droit de Francfort sur les aspects juridiques de la Première Guerre mondiale, ou bien de l'équipe engagée dans un profet ANR/DFG consacré à l'étude comparée de la constitution de l'ethnologie et de l'anthropologie en France et en Allemagne au XXe siècle. C’est aussi le cas depuis le 1^er janvier 2013 pour un chercheur post-doctorant, rejoint en cours d’année par deux doctorants, pour l’animation de l’un des sous-axes du projet fédérateur « Saisir l’Europe Â» conclu pour 5 ans. 

L’originalité de la composition de l’équipe de l’IFRA repose donc dans la complémentarité entre compétences scientifiques et culturelles et dans sa capacité à intégrer de jeunes chercheurs, à la fois français et allemands, conférant au centre une fonction de formation qui constitue une indéniable valeur ajoutée.