Pour remplir ses missions et réaliser son programme scientifique et culturel, l’IFRA/SHS est actuellement doté d'une équipe composée :
- d’un Directeur,
- de deux boursiers doctorants financés par des bourses d’aide à la mobilité internationale de l’IFRA (AMI),
- d’une chercheuse post-doctorante financée par l’université Goethe de Francfort,
- d’un chercheur post-doctorant et d’un chercheur chargés du projet Anthropos,
- d’une chargée de mission culturelle
- d’une secrétaire comptable
- de 40 à 50 boursiers faisant un séjour de recherche de courte durée à l´IFRA au cours de l’année,
- un à deux stagiaires.
La politique du centre est présentée chaque année dans un rapport d’activités, qui est discuté et approuvé par un Conseil scientifique composé :
- de sept universitaires français et cinq universitaires allemands,
- des membres représentant l’Université Goethe de Francfort, le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR), le Centre Marc Bloch de Berlin, l’Institut Historique Allemand de Paris, ainsi que les représentants du Ministère de l'Europe et des affaires étrangères par le biais l’ambassade de France à Berlin.
Suivant la convention tripartite signée par l'Institut, l'IFRA est financé à la fois par le Ministère de l'Europe et des affaires étrangères, l'EHESS et l'Université Goethe de Francfort.
La composition à la fois locale, binationale et institutionnelle de ce conseil reflète l’étendue du réseau franco-allemand et de la toile scientifique européenne au sein desquels l’IFRA/SHS conçoit et déploie son programme culturel et scientifique. C’est dans cet esprit qu’il a été partie prenante entre 2012 et 2017 de la constitution d’un réseau fédératif de recherche franco-allemand en sciences sociales et humaines intitulé « Saisir l’Europe » et c’est dans le même esprit collectif que l’IFRA a préparé sa contribution en 2013 aux commémorations du cinquantième anniversaire du Traité de l’Elysée de 1963 et à la Buchmesse 2017 où la France était le pays invité et au centenaire de la déclaration et de la fin de la guerre de 1914-1918.