En lien étroit avec ses tutelles scientifiques française et allemande, la Goethe-Universität et l'École des hautes études en sciences sociales, l'IFRA-SHS se veut une institution intermédiaire centrale entre la recherche française et allemande en sciences humaines et sociales. En tant que membre du réseau des instituts français de recherche à l'étranger (IFRE), la dimension franco-allemande centrale de son travail est en outre intégrée dans les échanges internationaux. Cela se reflète également dans les projets de recherche eux-mêmes, qui sont rattachés à l'institut. Il s'agit avant tout des deux axes de recherche centraux qui détermineront le travail de l'IFRA-SHS dans les années à venir : "Dynamiques du religieux" et "Espaces impériaux". Parallèlement, d'autres projets sont également rattachés à l'institut et déterminent son travail. Nombre d'entre eux sont menés avec des institutions partenaires en Allemagne ou en France.