In enger Verbindung mit seinen deutschen und französischen wissenschaftlichen Trägern, der Goethe-Universität und der École des hautes études en sciences sociales, versteht sich das IFRA-SHS als eine zentrale Mittlerinstitution zwischen deutscher und französischer Forschung in den Geistes- und Sozialwissenschaften. Als Teil des Netzwerks der französischen Forschungsinstitute im Ausland (IFRE) ist die zentrale deutsch-französische Dimension seiner Arbeit zudem in den internationalen Austausch eingebunden. Das spiegelt sich auch in den Forschungsprojekten selbst wieder, die am Institut angesiedelt sind. Dabei handelt es sich vor allem um die beiden zentralen Forschungsachsen, die die Arbeit des IFRA-SHS in den kommenden Jahren bestimmen: "Dynamiken des Religiösen" und "Imperiale Räume". Gleichzeitig sind aber auch weitere Projekte am Institut angesiedelt und bestimmen seine Arbeit. Viele davon werden mit Partnereinrichtungen in Deutschland oder Frankreich durchgeführt.